Na konferencji założycielskiej określono główne cele działalności partii - walkę o niepodległość ludu albańskiego i o utworzenie ludowego rządu demokratycznego, a także wyzwolenie Albanii spod jarzma faszystowskiego. Pierwszym sekretarzem partii został 33-letni nauczyciel Enver Hoxha, wcześniej handlujący papierosami w tirańskiej trafice. Formalnie sprawami partii kierował 12-osobowy Tymczasowy Komitet Centralny, w składzie którego znaleźli się m.in. Bedri Spahiu i Koçi Xoxe, który pozostawał pod ścisłą kontrolą wysłanników KPJ. W tym czasie liczba członków partii nie przekraczała dwustu. Pierwszą frakcją, która oddzieliła się od KPA była młodzieżowa grupa Zjarri (Ogień), kierowana przez Andreę Zisiego. Zdecydowana większość osób przyłączających się do partii stanowiła młodzież z południa kraju. W 1944 ponad 60 proc. członków KPA pochodziło z ubogich rodzin chłopskich, z południowej części kraju. Pod koniec 1944 liczba członków KPA wzrosła do 5267. Wśród nich robotnicy stanowili zaledwie 15%.