Systematyka i zmienność Typ nomenklatoryczny Holotypem gatunku jest okaz zielnikowy zebrany w Danii przez Heinricha Schumachera, przechowywany w Muzeum Historii Naturalnej w Paryżu. Okaz ten opisany był oryginalnie jako "Potamogeton setaceum, Lyngbye Söe". Obecnie okaz ten określony jest jako "Plantae danicae, Herb. Schumacher, Lyngby Sø". W 2008 roku Zdeněk Kaplan wskazał jako lektotyp tego gatunku okaz zielnikowy przechowywany w Uniwersytecie Kopenhaskim.
Podział rodzaju Rdestnica nitkowata jest bardzo zmiennym gatunkiem, obejmującym zarówno drobne rośliny z liśćmi skoncentrowanymi u nasady krótkiego pędu, jak i rośliny rozrosłe, o bogato ulistnionych, wydłużonych pędach, występujące głównie w wodach o wartkim nurcie, a także rośliny o nitkowatych, ostrych liściach i te o liściach równowąskich, zaokrąglonych. Z uwagi na zmienność gatunku wyróżniane były w jego ramach podgatunki i formy. Po rozpoznaniu źródeł zmienności gatunku zaniechano jednak wyróżniania podkategorii pomocniczych, szczególnie w literaturze europejskiej. W Stanach Zjednoczonych autorzy nadal wyróżniają 3 podgatunki: Stuckenia filiformis subsp. alpinaus (Blytt) R. R. Haynes, Les, & M. Král Stuckenia filiformis subsp.