Franciszek Lilius, też Gigli (zm. w sierpniu lub wrześniu 1657 w Gromniku koło Tarnowa) – polski kompozytor i kapelmistrz pochodzenia włoskiego.
Życiorys Był synem Wincentego Liliusa. Możliwe, że urodził się w Polsce. W 1625 był uczniem Girolama Frescobaldiego w Rzymie.
Przed 1630 należał do kapeli dworskiej króla Zygmunta III Wazy w Warszawie, skąd w styczniu 1630 roku przybył do Krakowa, zaangażowany na stanowisko kierownika muzycznego i kapelmistrza Kapeli Rorantystów działającej przy katedry wawelskiej. W Krakowie stał się bezspornym autorytetem muzycznym. Występował z kapelą na uroczystościach w Akademii Krakowskiej i u bogatszych mieszczan, sam prowadził w swym domu rodzaj muzycznej akademii – kształcił chłopców-sopranistów, o których zabiegały u niego kapele magnackie, a nawet kapela królewska.
Żył na wysokiej stopie, co skłaniało go do ciągłych zabiegów o nowe prebendy (kanonia w kolegiacie w Sandomierzu, probostwo w Żębocinie, kanonia w Tarnowie). Nie jest pewne, czy Lilius otrzymał święcenia kapłańskie, czy też tylko diakonatu. Utrzymywał intensywne kontakty z dworami magnackimi (Łukasza i Krzysztofa Opalińskich, Stanisława Lubomirskiego, Domoinika Zasławskiego i innych), którym dostarczał kompozycji, jak też uświetniał uroczystości występami kapeli.