W latach 1985–1990 kontynuowano jego odbudowę.
W latach 1986–1987 na terenie dworu prowadzone były badania archeologiczne. W 1990 roku przerwano renowację ze względu na brak środków finansowych. Obecnie dwór jest własnością Świętokrzyskiego Ośrodka Doradztwa Rolniczego.
Opis Dwór w Modliszewicach zawiera w sobie elementy charakterystyczne dla siedziby zamożnego szlachcica polskiego z drugiej połowy XVI wieku. Obiekt jest budowlą obronną, dwukondygnacyjną, zbudowaną z kamienia oraz cegły na fundamencie z łamanego wapienia. Wznosi się na niewysokim sztucznym wzniesieniu na wyspie. Ma plan prostokąta o wymiarach 10,8×27 m. W narożach budynku wybudowano dwie cylindryczne piętrowe wieże strzelnicze nakryte dachem. Do dworu wchodziło się wachlarzowatymi schodami od strony północnej. Wejście zlokalizowane było na wysokości pierwszej kondygnacji nad trójarkadowym ryzalitem. Według zamierzeń architekta, miał on pełnić funkcję krużganków. Nad trójarkadowymi krużgankami na wysokości pierwszego piętra znajduje się pięć otworów okiennych, rozmieszczonych nierównomiernie w układzie trzy na dwa. Nad drzwiami można zauważyć łacińską inskrypcję będącą wierną kopią inskrypcji z zamku na Wawelu. Uwagę zwraca bogate zdobienie kamiennych obramień okiennych w północnej elewacji budynku, co wskazuje na typową renesansową dekorację okienną.