Tam jednak także nie mógł odzyskać dawnej formy i w 2006 roku trafił do Colorado Rapids, gdzie także spisywał się poniżej oczekiwań.
29 marca 2007 roku Amerykanin po raz drugi w karierze trafił do Metro Stars, gdzie swojego czasu prezentował się wyśmienicie. Pierwszy mecz na własnym boisku z FC Dallas skończył się zwycięstwem klubu Mathisa 3:0, a sam Amerykanin zaliczył bramkę i asystę. W „Red Bulls” Mathis łącznie strzelił 39 goli, co do tej pory jest drugim najlepszym wynikiem jeśli chodzi o ten zespół. Więcej bramek na koncie ma tylko Giovanni Savarese. 19 listopada przeniósł się do Los Angeles Galaxy, gdzie nie rozegrał jednak żadnego oficjalnego meczu. Po powrocie do swojego pierwszego klubu w karierze Clint wystąpił w spotkaniu towarzyskim z Sydney FC na Telstra Stadium przy 80 tysiącach widzów na trybunach.
W okienku transferowym w styczniu 2008 roku piłkarz związał się umową z greckim klubem PAE Ergotelis. W jego barwach zadebiutował w pojedynku z Apollonem Kalamaria, który podobnie jak Ergotelis walczył o utrzymanie w greckiej ekstraklasie. Mathis pojawił się na placu gry w 72 minucie, a w doliczonym czasie gry mocnym strzałem z woleja wpisał się na listę strzelców. W sierpniu amerykański zawodnik powrócił do Real Salt Lake.