Z okazji zakończenia pracy w PAT i przejścia na emeryturę Jan Paweł II wysłał Janinie Bieniarzównie list z osobistymi podziękowaniami. Współtworzyła czasopismo naukowe „Folia Historica Cracoviensia”, a w latach 1986–1997 należała do redakcji „Rocznika Krakowskiego”.

Członek korespondent Polskiej Akademii Umiejętności, członek honorowy Polskiego Towarzystwa Historycznego i Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa, do którego zapisała się jeszcze w latach szkolnych. Współpracownik i autorka 103 haseł w Polskim Słowniku Biograficznym. Od 1975 r. do śmierci była redaktorem serii wydawniczej „Biblioteka Krakowska”. Wypromowała pięciu doktorów. Oprócz działalności badawczej zajmowała się również pisarstwem popularnonaukowym. Jej popularna praca 500 zagadek historycznych doczekała się w latach 1958–1974 ośmiu wydań o łącznym nakładzie 240 tysięcy egzemplarzy.

Została pochowana na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera PAS 53-płd-wsch-narożnik).