Jednak nie udało jej się uzyskać nominacji Partii Republikańskiej.

W okresie międzywojennym Rankin zaangażowała się w działalność pacyfistyczną i społeczną.

W 1940 nadciągający kryzys wojenny spowodował, że Rankin postanowiła powrócić do Kongresu. Wygrała wybory w drugim okręgu wyborczym w Montanie zdobywając 54% głosów. Rankin była w drodze do Detroit podczas japońskiego ataku na Pearl Harbor. Wydarzenie to spowodowało, że natychmiast powróciła do Waszyngtonu. Podczas kongresowej debaty nad wypowiedzeniem przez Stany Zjednoczone wojny Japonii i przystąpieniem do II wojny światowej przewodniczący Izby Reprezentantów, Samuel Taliaferro Rayburn próbował nie dopuścić jej do głosu. Inni kongresmeni próbowali ją przekonać do oddania głosu za rezolucją. Ostatecznie, gdy oddawała głos, wygwizdano ją. Rezolucja została uchwalona stosunkiem głosów 388 do 1. Po głosowaniu ze względów bezpieczeństwa Rankin musiała wrócić do swojego biura pod ochroną policji. Głosowanie sprawiło, że przez resztę kadencji koledzy i prasa zaczęli ją ignorować. Rankin postanowiła nie ubiegać się o reelekcję.