Straż Mazurska, oprócz organizowania typowo propagandowej pracy plebiscytowej, dążyła do utworzenia na terenach Warmii, Mazur i Powiśla ściśle zakonspirowanych, karnych struktur polskich, brała udział w ochronie polskich wieców, a także starała się wciągnąć w sferę swych wpływów związki sportowe, gimnastyczne itp., na które oddziaływała w duchu polskości; przyczyniała się także do powstawania nowych kół i organizacji.
Za całokształt pracy organizacyjnej i prowadzenie pracy kancelaryjnej NKSM odpowiadał Oddział I. Szefem Oddziału został ppor. Paweł Wieczorek. Podlegali mu kierownicy grup: Wschód i Zachód – pchor. Romuald Dramiński i ppor. Józef Kwiatkowski. Kierownicy powiatowi podlegali bezpośrednio szefowi Oddziału, jednak instrukcje otrzymywali od kierowników grup, którzy odpowiadali także za kontrolowanie poszczególnych powiatów.