W celu ostatecznej likwidacji więźniów od 1 lutego 1940 r. rozpoczęto masowe rozstrzeliwania. Zaczęły przybywać transporty więźniów z sąsiednich powiatów: inteligencja, działacze społeczni, urzędnicy, ziemianie i księża i siostry zakonne. W obozie panowały prymitywne warunki, brakowało pożywienia. Skazanych na śmierć wywożono zakrytymi ciężarówkami w okolice lasu komornickiego, gdzie rozstrzeliwano nad uprzednio wykopanymi dołami.
Akcja tej masowej zagłady więźniów zakończyła się w kwietniu 1940 r. Hitlerowcy w ciągu tylko kilku miesięcy zamordowali tu około 1500 osób.
Wychowawczy Obóz Pracy i Obóz Karny W maju 1940 r. obóz w Działdowie przekształcono w Wychowawczy Obóz Pracy, a potem w Obóz Karny dla więźniów karnych i politycznych, w większości skazanych na śmierć.
Zakatowano tu m.in.: konsula Bogdana Jałowieckiego i jego zastępcę Jana Piotrowskiego – urzędników Konsulatu Polskiego w Olsztynie.
Duchowni – Specjalna Grupa Więźniów Politycznych Duchowni byli więzieni w obozie w Działdowie od jesieni 1939 r. do jesieni 1941 r. Podobnie jak inni, byli tam nieludzko torturowany i poniżani za wiarę. Musieli znosić niesamowity brud, insekty, brak żywności.