W latach 1991–1993 prefekt Wyższego Seminarium Duchownego Kościoła Polskokatolickiego w Warszawie, a także sekretarz biura Biskupa Naczelnego Kościoła Polskokatolickiego w RP.
W 1995 na skutek konfliktu wiernych parafii Dobrego Pasterza z władzami zwierzchnimi Kościoła Polskokatolickiego w RP, ksiądz Tomasz Rybka stanął na czele de facto niezależnej parafii narodowej w Warszawie, która po wieloletnim sporze o jurysdykcję z biskupem Wiktorem Wysoczańskim została w 2005 ostatecznie skreślona z listy parafii polskokatolickich, a w 2006 uzyskała legalizację prawną jako Polski Narodowy Katolicki Kościół w RP. Od początku XXI wieku ksiądz Tomasz Rybka w imieniu parafii Dobrego Pasterza w Warszawie podejmował zabiegi o zjednoczenie Polskiego Narodowego Katolickiego Kościoła w RP z Polskim Narodowym Kościołem Katolickim. Współpracował również ze Światową Radą Narodowych Kościołów Katolickich i będącym jej członkiem Kościołem Starokatolickim Słowacji.