Gimnazjum Polskie (1915–1939) Jeszcze przed odzyskaniem niepodległości, pod opieką Płockiego Koła Macierzy Szkolnej otworzono „Gimnazjum Polskie” na bazie Gimnazjum Gubernialnego. Było to gimnazjum męskie. W 1921 otrzymało ono imię Marszałka Stanisława Małachowskiego. Z tego okresu również pochodzi wielu wychowanków: profesor UW Jan Zygmunt Jakubowski (historyk literatury polskiej), prof. Jerzy Pniewski (dyrektor Instytutu Fizyki Doświadczalnej UW). Natomiast w 1918 szkołę odwiedził bp Achille Ratti – wizytator apostolski na Polskę i Litwę, późniejszy papież Pius XI.
Okres okupacji niemieckiej (1939–1945) Jak wszystkie inne pozostałe szkoły Małachowianka w czasie II wojny światowej była nieczynna. Początkowo były w niej koszary SS, a potem niemiecki szpital wojskowy.
Liceum Ogólnokształcące (od 1945) thumb|300px|Szkolny chór „Minstrel” mały|300x300px|Aula Małachowianki podczas gali finałowej konkursu ,,Twoja PASJA nasza MISJA" w 2024 Szkoła została ponownie otwarta 18 lutego 1945. Pierwszym dyrektorem został Tadeusz Synoradzki. Wówczas po raz pierwszy w ławkach szkoły zasiadły dziewczęta. W 1946 Małachowiankę ukończył Tadeusz Mazowiecki – pierwszy premier III RP, natomiast jego siostra – Krystyna Mazowiecka uczyła w szkole w latach 1950–1980 języka francuskiego.