Podgatunki Zwykle wyróżnia się cztery podgatunki Dromaius novaehollandiae, lecz ich pozycja taksonomiczna jest sporna. Niektórzy autorzy podnoszą podgatunki emu małe i czarne do rangi gatunku, jednakże niektóre badania genetyczne wykazują, że nie różnią się one od emu w sposób wystarczający, by uzyskać status odrębnych taksonów. D. n. novaehollandiae (Latham, 1790) – emu zwyczajne, emu – kontynentalna Australia; introdukowany na Wyspę Kangura. D. n. diemenensis Le Souef, 1907 – podgatunek wymarły, występował na Tasmanii. Ostatni osobnik na wolności odnotowany w 1845 roku. D. n. minor Spencer, 1906 (syn. D. (n.) ater Vieillot, 1817) – emu czarne – podgatunek wymarły, zamieszkiwał wyspę King. D. n. baudinianus S.A. Parker, 1984 – emu małe – podgatunek wymarły, zamieszkiwał Wyspę Kangura. Niektórzy autorzy wyróżniali też podgatunki woodwardi (północno-zachodnia Australia) i/lub rothschildi (południowo-zachodnia Australia), nie są one jednak obecnie uznawane.