21 czerwca 2006 Flosse został skazany przez sąd pod zarzutem korupcji na trzy miesiące pozbawienia wolności w zawieszeniu. Sąd uznał go za winnego wykorzystania stanowiska prezydenta do dokonania zakupu hotelu„Former French Polynesian president Flosse gets suspended jail sentence for corruption”, Radio New Zealand International, 21 czerwca 2006..
Kryzys polityczny 2007 W lipcu 2007 Gaston Flosse ostro skrytykował swojego partyjnego kolegę, Gastona Tong Sanga, który od grudnia 2006 zajmował stanowisko prezydenta Polinezji Francuskiej„French Polynesian president loses no confidence vote”, ABC news online, 14 grudnia 2006.. Zarzucił mu zbytnią uległość wobec mniejszych partii koalicyjnych i w rezultacie ignorowanie potrzeb własnej formacji.
Flosse nawiązał taktyczne porozumienie z liderem opozycji Oscarem Temaru, który skierował do parlamentu wniosek o wotum nieufności wobec gabinetu Tonga Sanga. Przeciwko Tonga Sangowi opowiedziała się także część jego własnej partii Tāhōʻēraʻa Huiraʻatira i wezwała go do rezygnacji ze stanowiska.