Systematyka thumb|Męczennica błękitna thumb|Owoc męczennicy jadalnej (marakuja) Pozycja systematyczna według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016) Rodzina uznawana jest za siostrzaną dla kladu obejmującego rodziny Lacistemataceae i wierzbowatych Salicaceae, blisko spokrewniona jest też z fiołkowatymi (Violaceae). Należy m.in. ze wszystkimi wymienionymi do rzędu malpigiowców (Malpighiales), a wraz z nim do kladu różowych w obrębie okrytonasiennych.
W obrębie rodziny wyróżnia się następujące podrodziny:
Podrodzina Malesherbioideae Burnett – (syn. Malesherbiaceae D. Don, nom. cons.) – takson monotypowy, z jedynym rodzajem występującym w zachodniej części Ameryki Południowej: Malesherbia Ruiz & Pav.
Podrodzina Turneroideae Eaton (syn. Turneraceae, Piriquetaceae) – 10 rodzajów z 205 gatunkami roślin zielnych i drewniejących, występujących w tropikach Ameryki Południowej i Afryki: Adenoa Arbo Erblichia Seem. Hyalocalyx Rolfe Loewia Urb. Mathurina Balf.f. Piriqueta Aubl. Stapfiella Gilg Streptopetalum Hochst. Tricliceras Thonn.