1 stycznia 2001 Endō zmienił barwy klubowe i został piłkarzem japońskiego klubu Gamba Osaka. 10 marca rozegrał dla niej swoje pierwsze spotkanie, jednak piłkarze z Osaki ulegli na wyjeździe 0:2 Avispie Fukuoka. W Gambie szybko stał się podstawowym zawodnikiem zespołu i czołowym graczem drużyny. W 2003 roku został wybrany do jedenastki sezonu, a ten indywidualny sukces powtórzył także w trzech kolejnych sezonach. W 2002 roku zajął 3. miejsce w J-League, a w 2005 roku po raz pierwszy w karierze został mistrzem Japonii (33 mecze i rekordowe 10 goli w sezonie). W latach 2004, 2006 i 2007 zajmował 3. pozycje w lidze. Kariera reprezentacyjna Był reprezentantem Japonii w kategoriach wiekowych: U-20 i U-23. W 1999 roku z kadrą U-20 wywalczył wicemistrzostwo świata w tej kategorii wiekowej.
W reprezentacji Japonii Endō zadebiutował 20 listopada 2002 na stadionie Saitama (Saitama, Japonia) w przegranym 0:2 meczu towarzyskim z Argentyną. W 2004 roku wywalczył wraz z kadrą narodową Puchar Azji 2004. 2006 roku został powołany przez Zico do kadry na Mistrzostwa Świata w Niemczech, jednak nie zagrał w żadnym spotkaniu. Z Japonią wystąpił także w Pucharze Konfederacji 2003 i 2005.