W przeciwieństwie do pocisków RIM-161 SM-3 Block IA, którego średnica stopnia pierwszego wynosi 0,53 m, ale średnica dwóch pozostałych członów napędowych już jedynie 0,34 m, pociski SM-3 Block IIA posiadają jednakową średnicę na całej długości, co dzięki silniejszym silnikom drugiego i trzeciego stopnia pozwala na osiągnięcie o 40 do 60% wyższej prędkości wypalenia (velocity burnout)Prędkość wypalenia (velocity burnout) to maksymalna prędkość osiągana przez pocisk rakietowy, w momencie zakończenia pracy rozpędzających go stopni napędowych - w przypadku trzystopniowych pocisków SM-3, w momencie oddzielenia się głowicy od trzeciego stopnia napędowego, wypalenia jego paliwa i zakończenia przez niego pracy.. Pociski tej wersji dysponować mają również bardziej zaawansowaną głowicą kinetyczną, pozwalającą na przechwytywanie celów balistycznych ponad i poza zasięgiem przechwytywania głowic pocisków wersji IA i IB. Przede wszystkim zaś, szybsze pociski SM-3 Block IIA umożliwiać mają przechwytywanie niedostępnych dla wersji IA i IB pocisków zasięgu pośredniego (IRBM) oraz międzykontynentalnych (ICBM). Początkowo program Block IIA był jedynie programem badawczym niskiego poziomu technologicznego, z budżetem nie przekraczającym 50 mln dolarów US rocznie. W grudniu 2003 r. jednak, program przeszedł z fazy badawczej do fazy rozwojowej.