Chociaż Roatta miał później opisać to jako powrót do normalności, w rzeczywistości sytuacja była zupełnie nowa, ponieważ nic takiego jak Comando Supremo nie istniało we Włoszech, zanim król przekazał swoje dowództwo Mussoliniemu. Sytuacja była również niezwykła, ponieważ Badoglio zrzekł się jakiejkolwiek władzy w sprawach wojskowych, pozostawiając sprawy sił zbrojnych niemal całkowicie w rękach Comando Supremo. Rezultatem było utworzenie rządu, w którym Ambrosio został de facto równym szefem politycznym rządu, obaj pod królem.
Po podpisaniu rozejmu z aliantami 3 września 1943 roku Comando Supremo nie podjęło żadnych wysiłków, aby powiadomić inne sztaby, ministerstwa lub kwatery główne podległe jego dowództwu przed oficjalnym opublikowaniem wiadomości 8 września. 9 września Comando Supremo wraz z królem i rządem opuściło Rzym i udało się do Brindisi.
Okres aliancki, 1943–1945 Większość dokumentów Comando Supremo wpadła w ręce Włoskiej Republiki Socjalnej we wrześniu 1943 roku. W rezultacie wiele z nich zaginęło pod koniec wojny, w kwietniu 1945 roku.