Mimo to dysponujący znaczną częścią dawnej armii Timura Chalil Sultan w lutym 1406 roku pokonał połączone siły Pir Muhammada i Szahrucha pod Karszi w dzisiejszym Uzbekistanie. W lutym 1407 roku Pir Muhammad został zamordowany z inicjatywy swojego najpotężniejszego emira, Pir Ali Taz Suldusa. Rok później Szahruch najechał Balch oraz pokonał i pojmał Pir Ali Taza, który został skazany na śmierć. W ten sposób popierając Pir Muhammada Szahruch zyskał opinię osoby, która uszanowała testament swojego ojca, a jednocześnie nic nie stracił z punktu widzenia ewentualnej próby przejęcia jego dziedzictwa dla siebie.
Zajęcie Mawarannahru thumb|Trzy wielkie regiony średniowiecznej Azji Środkowej: Chorezm (Choresmien), Mawarannahr (Transoxanien) i Chorasan W latach 1405–1408 Szahruch musiał się zmierzyć z szeregiem rebelii, które wzniecali nieposłuszni emirowie chcący skorzystać z ogólnego zamętu jaki panował po śmierci Timura. Dzięki temu, że władał swoją dzielnicą już od kilku lat, miał w niej jednak stosunkowo silne oparcie i udało mu się stłumić wszystkie rebelie.