XXI w. W 2005 bóżnicę udostępniono zwiedzającym. W sali głównej, w której odrestaurowano aron ha-kodesz i odkryto pozostałości polichromii, organizowano wystawy poświęcone tematyce Żydów polskich, koncerty i inne imprezy kulturalne. W 2008 budynek Synagogi Wysokiej przekazano Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie, która z kolei przekazała obiekt Wydawnictwu Austeria.
Architektura Murowany z kamienia i cegły budynek synagogi wzniesiono na planie prostokąta w stylu renesansowym. Południowa ściana budynku zwrócona w stronę ulicy Józefa, podparta jest czterema szkarpami sięgającymi góry okien sali i przecięta gzymsem, biegnącym tuż nad parterem. Pomiędzy szkarpami na wysokości pierwszego i drugiego piętra znajdują się trzy wysokie, półkoliście zakończone okna.
Wejście do budynku wiedzie przez rzeźbiony, późnorenesansowy portal. Główna sala modlitewna nakryta jest sklepieniem kolebkowym z gurtami i lunetami, które było wykończone rzeźbieniami oraz malowidłami i było bogato zdobione. Publikacje sprzed II wojny światowej opisują polichromie przedstawiające sceny biblijne: Arkę Noego, pobyt Żydów na Eufratem podczas wygnania, Ofiarę Izaaka, oraz menorę i stoły pokładne ze świątyni. Aron ha-kodesz był wzorowany na szafie ołtarzowej z pobliskiej synagogi Remu.