Od kilku lat MZK Zamość posiada nową bazę przy ul. Lipowej (Os. Orzeszkowej-Reymonta), w której czynna jest m.in. jedyna w mieście stacja paliw oferująca również gaz CNG. Wcześniej zajezdnia znajdowała się w pobliżu Starego Miasta, przy ul. Peowiaków.
MZK Zamość obsługuje 28 linii, w tym jedną linię bezpłatną (stan na 22 października 2025 r.). Wszystkie linie pokonują dziennie około 5500 km w dni powszednie w roku szkolnym, około 3900 km w dni powszednie w wakacje, około 1900 km w soboty i około 1700 km w niedziele i święta ustawowe.
W 2023 roku MZK Zamość wzbogacił tabor o 14 autobusów marki MAN model 12E oraz 18E wyposażonych w niską podłogę, klimatyzację, monitoring oraz system informacji pasażerskiej; pojazdy te zastąpiły część najstarszych egzemplarzy i poprawiły dostępność przewozów dla osób z ograniczoną mobilnością. W 2026 roku spółka kontynuowała modernizację floty, odbierając 13 wiecej nowych autobusów tej samej marki - MAN model 12E - w tym pojazdy z napędem elektrycznym, co przyczyniło się do obniżenia emisji spalin i zwiększenia komfortu podróży dzięki dodatkowym udogodnieniom (systemy bezpieczeństwa, udoskonalona informacja pasażerska). mały|200x200px|Solaris Urbino 12 IV - 14 maja r. 2026 na linii 17.