Inicjatorami powstania seminarium oprócz Majdy oraz Malickiego był Andrzej Ananicz.
Korzenie Studium tkwią w podziemnym piśmie „Obóz” założonym w 1981 oraz w próbach tworzenia podziemnego Instytutu Europy Wschodniej w końcu 1983 r.
Od 1992 Studium Europy Wschodniej organizuje „Wschodnią Szkołę Letnią” przeznaczoną dla młodych badaczy z Europy Wschodniej i Środkowej, zajmujących się historią i współczesnością regionu. Od 1998 przy Studium prowadzone są Specjalistyczne Studia Wschodnie. „Studia Wschodnie” mają charakter interdyscyplinarny i mają na celu przekazywanie specjalistycznej wiedzy o regionie.
Od 2002 przy Studium działa katedra Fulbright-Warsaw University Distinguished Chair in East European Studies – pierwsza na świecie katedra Fulbrighta specjalizująca się w studiach wschodnich.
Studium prowadzi szeroką działalność wydawniczą. Wśród wydawanych pozycji należy wymienić m.in. „Obóz”, „Przegląd Wschodni”, „Nowy Prometeusz” czy „Pro Georgia („Journal of Kartvelological and Caucasian Studies)”. Corocznie SEW UW wydaje kilkanaście książek.
Studium Europy Wschodniej prowadzi liczne projekty badawcze – realizuje granty m.in. Narodowego Centrum Nauki, Narodowego Programu Rozwoju Humanistyki, Senatu RP, Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, Ministerstwa Spraw Zagranicznych oraz projekty własne (np.