W 1899 roku założył w Wiedniu Phonogrammarchiv, mające archiwizować dźwięki na potrzeby naukowe.
Z nazwiskiem Exnera wiążą się używane do dziś eponimy: ciałka Call-Exnera pole Exnera prążek Exnera splot Exnera.
Wybrane prace Leitfaden bei der mikroskopischen Untersuchung thierischer Gewebe. Zweite, verbesserte Auflage. Leipzig 1878 Untersuchungen über die Localisation der Functionen in der Grosshirnrinde des Menschen. Wien: W. Braumüller, 1881 Die Physiologie des Fliegens und Schwebens in den bildenden Künsten: Vortrag gehalten im Österreichischen Museum für Kunst und Industrie am 5. Januar 1882. Wien: Braumüller 1882 Die Physiologie der facettirten Augen von Krebsen und Insecten. Leipzig: F. Deuticke 1891 Entwurf zu einer physiologischen Erklärung der psychischen Erscheinungen von Dr. Sigmund Exner: I. Theil. Leipzig-Wien: F. Deuticke, 1894 Über das Schweben der Raubvögel. Archiv für die gesamte Physiologie des Menschen und der Thiere 114, ss. 109-142 (1906)
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