Pozycja rodziny królewskiej była jednak zagrożona. Kraj ogarniała wojna między stronnikami królowej a stronnikami królewskiego kuzyna, Ryszarda Plantageneta księcia Yorku. Wprawdzie York jako regent Królestwa złożył w 1453 r. przysięgę na wierność Edwardowi, to jednak z biegiem czasu zaczął walczyć o koronę dla siebie. W 1460 r. pokonał wojska lancasterskie pod Northampton i zawarł ugodę z pojmanym królem Henrykiem. W myśl jej postanowień Edward został pozbawiony prawa do tronu, który po śmierci Henryka miał przypaść księciu Yorku.
Reakcja matki Edwarda była natychmiastowa. Na czele zebranej w Szkocji armii wkroczyła do Anglii. Yorkiści zostali pokonani pod Wakefield, a Ryszard książę Yorku stracił życie. Fortuna jednak rychło odwróciła się od Lancasterów. W 1461 r. zostali pobici pod Towton. Królem Anglii został syn Yorka, Edward IV, a Henryk, Małgorzata i Edward uciekli do Szkocji. Następnie schronili się w Walii, by ostatecznie uciec do Francji.