Natomiast 3 lata później, 1 stycznia 2004 przekazano samorządom organizowanie i finansowanie przewozów na swoim terenie.

Przejęcie roli organizatora kolei w województwach, umożliwiło samorządowcom swobodny wybór operatora połączenia wewnątrz województw.

Jako pierwsze, władze województwa mazowieckiego już 24 lipca 2004 założyły – początkowo z 49% udziałem PKP PR – własne Koleje Mazowieckie – które przejęły cały ruch w regionie 1 stycznia 2005. Również w 2004 r. władze województwa wielkopolskiego zaczęły rozważać plany powołania własnych Kolei Wielkopolskich, które przejąć miały ruch na trasach niezelektryfikowanych, obsługiwanych przez autobusy szynowe.

Przesłanki powstania Kolei Dolnośląskich Po przekazaniu odpowiedzialności za kolej samorządom, władze województwa rozważały zmianę dotychczasowego modelu organizacji przewozów. Brano wówczas pod uwagę, między innymi, założenie wzorem województwa mazowieckiego spółki z udziałem PKP, bądź ogłoszenie przetargu na realizację przewozów kolejowych. Zapowiedziano, że 2005 r. zostanie poświęcony na analizę sytuacji i stworzenie programu zmian, natomiast 2006 r. na konkretne działania w kierunku zmian.