28 czerwca 2009 roku, po zakończeniu VI edycji Małopolskiego Pikniku Lotniczego, samolot Cessna 172, należący do Aeroklubu Warszawskiego, rozbił się w Parku Tysiąclecia, około 600 metrów od miejsca startu. W wyniku tragicznego wypadku zginął pilot oraz jeden z trójki pasażerów. Samolot został całkowicie zniszczony, natomiast w parku połamanych zostało kilka drzew oraz częściowo wypalony teren katastrofy. W późniejszym czasie, w miejscu wypadku – w południowej części parku umieszczono pomnik–głaz, upamiętniający ofiary tragicznego wydarzenia.

W latach 2019–2020 dokonano rewitalizacji Parku Tysiąclecia. W jej ramach m.in. zmodernizowano alejki, które wykonano z asfaltobetonu i kostki bezfazowej w miejscach, pod którymi przebiegają instalacje podziemne, wymieniono słupy oświetleniowe, wykonano nowe elementy małej architektury: ławki, leżaki, stoliki do gry w szachy z siedziskami, kosze na śmieci. Dokonano także remontu znajdującej się w parku fontanny, sceny plenerowej, wykonano punkt widokowy, skatepark, alejkę sensoryczną, boisko do siatkówki plażowej, siłownię plenerową, jak również nowe rabaty z krzewinkami i nasadzenia drzew. Zmodernizowano także place zabaw – dolny i górny – wyremontowano część istniejących urządzeń oraz zamontowano nowe.