Kodeks Watykański (łac. Codex Vaticanus, oznaczany symbolami B albo 03 według systemu Gregory-Aland, δ 1 według systemu von Sodena) – rękopis Starego i Nowego Testamentu, jeden z czterech wielkich kodeksów biblijnych. Pisany jest grecką uncjałą na pergaminie. Paleograficznie datowany jest na IV wiek. Nazwa kodeksu pochodzi od miejsca przechowywania, symbol B nadał jeszcze Wettstein, symbol 03 – Gregory. Również na liście rękopisów Septuaginty według Alfreda Rahlfsa otrzymał symbol B. Od ponad 500 lat przechowywany jest w Bibliotece Watykańskiej (Gr. 1209).
Kodeks stał się znany dzięki korespondencji Erazma z prefektami Biblioteki Watykańskiej, jednak jego tekst długo nie był dostępny. Wyciągi tekstu rękopisu wykonywano niedokładnie, z licznymi błędami i było to powodem wielu nieporozumień. Dopiero w końcu XIX wieku tekst rękopisu stał się w pełni dostępny dla badań.
Jest jednym z najstarszych rękopisów greckiej Biblii. Do chwili odkrycia Kodeksu Synajskiego nie było rękopisu o podobnej wartości. Krytycy tekstu wysoko oceniają tekst rękopisu, który jest jednym z najczęściej wydawanych manuskryptów. Kodeks zachował się do dziś w bardzo dobrym stanie, ponieważ był rzadko używany.