Gdy odjechał, Atahualpa istotnie został zabity z powodu plotek, iż jakoby szykował powstanie przeciwko Hiszpanom. Oczywiście plotki te nie potwierdziły się, dlatego Hernando, gdy dowiedział się o śmierci przyjaciela, był załamany.
Podczas dwuletniego pobytu w Hiszpanii Hernando dyskutował z królem na temat dalszych losów konkwisty. Król nakazał wówczas, aby z nowym królem utrzymywać dobre stosunki, aby dostarczył jak najwięcej złota i kosztowności. Nowym władcą stał się Manco Inca, następca Atahualpy. Po powrocie do Peru okazało się, że Hiszpanie z Cajamarki przenieśli się do pałaców w dopiero co zdobytym Cuzco. Manco Inca, którego Francisco Pizarro wyniósł na tron Inków i który pomógł mu w zdobyciu miasta z rąk swojego własnego brata, zbuntował się i uciekł. Miał bowiem dość bycia marionetką w rękach Hiszpanów, tym bardziej, że pod nieobecność Francisca był źle traktowany przez najmłodszych braci Pizarro. Został jednak schwytany podczas ucieczki przez Juana i uwięziony. Hernando uwolnił go i zaprzyjaźnił się z nim, stosując się do instrukcji króla Karola. Dawał mu wiele swobody, jadali razem przy jednym stole i wznosili razem toasty.