W XVI wieku teren ten był ciągle zagrożony tureckimi najazdami – w 1532 zapuścił się tutaj niewielki oddział, ale został pokonany. W II połowie wieku grasowali tutaj zbójnicy. W 1605 pojawili się hajducy Stefana Bocskaya, w 1619 wojska Gabora Bethlena, które zdobyły Bratysławę, aby w 1621 ją stracić na rzecz wojsk habsburskich. Każdy z przemarszów żołnierzy powodował zniszczenia winnic, spalenie domów i mordy na mieszkańcach.
thumb|left|Widok z lotu ptaka thumb|left W 1635 Karlova Ves została włączona do dóbr devíńskich, będącego w rękach rodu Pálffy. W 1677 mieszkańców zdziesiątkowała epidemia, która wybuchła w bratysławskim podgrodziu, ale oba tereny były tak blisko siebie, że zaraza szybko się rozprzestrzeniła. W tym czasie rozwój wsi hamowało tzw. „prawo milowe”, które nie pozwalało w obrębie godziny drogi od granicy miasta królewskiego (jakim była Bratysława) zakładać cechów rzemieślniczych. W takiej sytuacji najbardziej aktywny byli w miejscowości młynarze – przy miejscowym potoku Vydrica w Dolinie Młyńskiej (Mlynská dolina, Mühltal) oraz na Dunaju. Według zapisków 5 młynów znajdowało się na potoku, a na rzece działało 6 pływających młynów (największy należał do bratysławskiej, mieszczańskiej rodziny Segnerów).