Kontrowersje dotyczące ingerencji Ledóchowskiego w encykliki Piusa XI Encyklika Mit brennender Sorge W 1937 Pius XI wydał na prośbę biskupów niemieckich encyklikę Mit brennender Sorge, w której potępił kult rasy, narodu i państwa jako bałwochwalstwo. Ledóchowski należał obok Eugenio Pacellego do przedstawicieli papieskiego otoczenia, którzy naciskali na zajęcie łagodniejszego stanowiska, argumentując to obawą o wypowiedzenie przez Hitlera konkordatu. W rezultacie z encykliki zniknęło odniesienie do narodowego socjalizmu oraz opracowany przez Święte Oficjum wykaz błędów zilustrowanych cytatami z Mein Kampf. Nie było w niej także żadnej wzmianki o prześladowaniu Żydów w Niemczech. Ledóchowski przekonywał papieża, aby przygotowując tekst „unikać zagłębiania się w bardzo trudne i subtelne kwestie”.
Encyklika Humani generis unitas W 1938 Pius XI zdecydował, że Watykan powinien zająć stanowisko w kwestii antysemityzmu i 22 czerwca zlecił zaproszonemu przez siebie Amerykaninowi , którego książkę Interracial Justice (1937) przeczytał z aprobatą, przygotowanie encykliki potępiającej rasizm i antysemityzm (Humani generis unitas). Uczynił to z pominięciem zwykłej procedury, nie angażując sekretarza stanu Pacellego ani Ledóchowskiego.