Kościół Świętego Jana (lit. Šv. Jonų bažnyčia), także: kościół Świętego Jana Chrzciciela i Świętego Jana Apostoła i EwangelistyPolskie egzonimy uchwalone na 116. posiedzeniu KSNG. (lit. Vilniaus Šv. Jono Krikštytojo ir Šv. Jono apaštalo ir evangelisto bažnyčia) – kościół na Starym Mieście w Wilnie, w zespole gmachów Uniwersytetu Wileńskiego.
thumb|upright|left|Pomnik poświęcony Antoniemu Edwardowi Odyńcowi w kościele uniwersyteckim w Wilnie
Kościół ten, przeznaczony pierwotnie na farę miasta Wilna, ufundowany został przez Władysława Jagiełłę, jak głosi tradycja na miejscu wcześniej wykorzystywanym do celów kultu pogańskiegoKłos J., Wilno: przewodnik krajoznawczy, Wilno 1937, s. 147.. Pierwsza budowla, której wznoszenie zainicjowano najpewniej wkrótce po chrzcie Litwy (w 1387 r.) a zakończono (lub przynajmniej poważnie zaawansowano) najpewniej do konsekracji w 1427 r., miała postać pięcioprzęsłowej, trójnawowej hali z wyodrębnionym, trójbocznie zamkniętym prezbiterium (którego relikty odnaleziono w toku powojennych prac badawczych). Mury z zewnątrz opięte były przyporami, nawy rozdzielały zaś ośmioboczne filary. Wnętrze najprawdopodobniej w całości było sklepione.