W miarę pozyskiwania eksponatów w skład muzeum włączono także przyległe do mieszkania Wojtyłów pomieszczenia pierwszego piętra; marzec 2006 – budynek zostaje zakupiony przez Fundację Ryszarda Krauze od spadkobierców przedwojennych właścicieli budynku, a następnie – przekazany w darze Archidiecezji Krakowskiej; 2007–2008 – przygotowanie koncepcji nowej ekspozycji i wstępnego projektu przebudowy Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach. Projekt zakłada czterokrotne powiększenie ekspozycji do ok. 1200 m kw. na czterech kondygnacjach domu: piwnica, parter, pierwsze piętro i poddasze; 6 kwietnia 2009 – przeniesienie nabytych przez Fundację Ryszarda Krauze praw autorskich do koncepcji i wstępnego projektu wystawy na Archidiecezję Krakowską; 16 października 2009 – podpisanie listu intencyjnego, w którym cztery podmioty: Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Województwo Małopolskie, Archidiecezja Krakowska i Gmina Wadowice wyraziły wolę utworzenia nowej instytucji kultury Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach; 12 kwietnia 2010 – podpisanie umowy o utworzeniu Muzeum przez powyższe podmioty; 7 kwietnia 2011 – powołanie Rady Muzeum pod przewodnictwem ks. kard.