W poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że wioska Ein Mahil miała znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa arabskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Mandacie Palestyny. W trakcie jej trwania rejon wioski zajęły siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej, które paraliżowały żydowską komunikację w rejonie. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej w trakcie operacji „Dekel” w lipcu 1948 roku wioskę zajęły wojska izraelskie. W odróżnieniu od wielu wiosek w Galilei, Izraelczycy nie wysiedlili jednak mieszkańców Ein Mahil, dzięki czemu zachowała ona swoją arabską tożsamość. W 1965 roku uzyskała status samorządu lokalnego. W 2009 roku burmistrz sąsiedniego miasta Nacerat Illit ogłosił plan budowy nowej dzielnicy przeznaczonej do ultraortodoksyjnych Żydów, która została wybudowana na położonej na północnym zachodzie górze Har Jona.