Szkoła uległa likwidacji już w okresie Litewskiej SRR we wrześniu 1940, gdy dyrektor Ludwik Wialbutt podpisał decyzję o jej przekazaniu rządowi Litwy Sowieckiej. Placówka została włączona do Litewskiego X Gimnazjum Państwowego. Wialbutt został jego inspektorem, a kadra nauczycielska rozpierzchła się po terytorium państwa litewskiegoJoanna Mackiewiczowa, Polacy na Litwie w latach II wojny światowej, str. 78.
Po II wojnie światowej polskojęzyczne szkolnictwo w Kownie, ani na terenie tzw. Litwy Kowieńskiej nie istniało. Również po odzyskaniu przez Litwę niepodległości nie powiodły się próby reaktywacji szkoły polskiej w Kownie.
W katedrze św. Jana w Warszawie znajduje się tablica pamiątkowa poświęcona pedagogom kowieńskiego gimnazjumKonrad Łapin, Głos z Litwy, Gdańsk 1998, str. 68.
Znani absolwenci Konrad Łapin – polski pisarz, poeta, radiowiec, Stanisław Michalkiewicz – polski historyk, badacz historii Śląska.
Przypisy
Bibliografia Nasze jubileusze, "Chata Rodzinna", nr 7–8, 17 lutego 1929, s.