Grupa założycielska kibucu zawiązała się w 1938 roku. W jej skład weszło kilku przyjaciół, którzy byli dobrze wykształconymi imigrantami z Niemiec. Wszyscy byli członkami młodzieżowego ruchu religijnego Bene Akiwa. Przez osiem lat zdobywali oni doświadczenie, ucząc się rolnictwa i pracując w rejonie miejscowości Riszon le-Cijjon. To tutaj urodziły się pierwsze dzieci w grupie, i tutaj powstał styl życia, który łączył pionierską pracę ze studiowaniem Tory. W styczniu 1946 roku założyli kibuc En ha-Naciw. Nazwa kibucu wywodzi się od pierwszych liter rabina Naftali Cwi Jehuda Berlin z Wołożyna, który był jednym z największych rosyjskich rabinów pod koniec XIX wieku. Głosił on Syjonizm religijny i zachęcał Żydów do emigracji do Ziemi Izraela. Wspierał on działalność organizacji syjonistycznej Chowewej Syjon.
W poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc En ha-Naciw miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie.