Widząc po stronie jordańskiej przygotowania do inwazji, strona żydowska wysadziła w nocy 14 maja tutejsze mosty. W ten sposób wyłączono z ruchu całą linię kolejową i utrudniono wojskom arabskim przedostanie się na drugi brzeg rzeki Jordan. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej doszło do bitwy o Geszer (15–17 maja 1948), podczas której żydowscy obrońcy powstrzymali natarcie wojsk jordańskich i irackich. Jednak ciężki ostrzał artyleryjski zniszczył większość budynków w kibucu.
Po wojnie zniszczony kibuc został odbudowany kilkaset metrów na zachód od swojej pierwotnej lokalizacji. Przejął on wówczas pola uprawne pobliskich zniszczonych wiosek arabskich At-Taka i Sirin. W kolejnych latach został wzmocniony imigrantami przybyłymi z Polski i Austrii. Podczas wojny na wyczerpanie (1967–1970) kibuc był wielokrotnie ostrzeliwany. W jego okolicy podkładano także miny i urządzano zasadzki. Za wieloma z tych ataków stała Organizacja Wyzwolenia Palestyny. Podpisanie w 1978 roku Porozumienia Camp David otworzyło drogę do zawarcia rok później traktatu pokojowego izraelsko-egipskiego. Wpłynęło to na stabilizację sytuacji na granicy i podpisania w 1994 roku jordańsko-izraelskiego traktatu pokojowego. Dzięki temu w 1989 rok kibuc rozpoczął współpracę z Żydowskim Funduszem Narodowym i rozpoczął rekonstrukcję pierwotnej lokalizacji kibucu Geszer.