W wyniku wojny sześciodniowej w 1967 roku całe terytorium Judei i Samarii znalazło się pod kontrolą Izraela. Tym samym skończyła się potrzeba strzeżenia granicy izraelsko-jordańskiej, która już nie przebiegała przez Wzgórza Gilboa. Z tego powodu, od 1967 roku w tutejszej placówce wojskowej zaczęli osiedlać się pierwsi cywile. W 1968 roku nastąpiło formalne przekształcenie placówki wojskowej w cywilny kibuc Ma’ale Gilboa. Jego nazwa nawiązywała do górskiej okolicy i oznaczała Stoki Gilboa. Zamieszkali tutaj religijni osadnicy, będący członkami Ruchu Religijnych Kibuców. Wraz z sąsiednim kibucem Meraw stworzyli oni grupę religijnych kibuców we Wzgórzach Gilboa. Z racji swojego położenia powinny one należeć do Samorządu Regionu Ha-Gilboa, jednak w Dolinie Bet Sze’an znajdowała się już grupa religijnych kibuców, i z tego powodu Ma’ale Gilboa i Meraw znalazły się pod jurysdykcją Samorządu Regionu Emek ha-Majanot. Pod koniec lat 90. XX wieku kibuc znalazł się w głębokim kryzysie ekonomicznym. W 1997 roku trudna sytuacja finansowa prawie doprowadziła do rozwiązania kibucu. W następnych latach przeprowadzono prywatyzację, zachowując kolektywną organizację instytucji kultury, edukacji i ochrony zdrowia. W 2002 roku w sąsiedztwie kibucu wybudowano mur bezpieczeństwa oddzielający państwo Izrael od terytoriów Autonomii Palestyńskiej.