W 1822 został zatrudniony na Uniwersytecie w Petersburgu jako profesor języków orientalnych. W 1823 wybrany został członkiem korespondentem Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk, a trzy lata później Towarzystwa Naukowego Krakowskiego. W 1826 Uniwersytet Jagielloński nadał mu doktorat honoris causa. Z tej okazji uczelnia otrzymała od niego hieratyczny papirus z I w. n.e., tzw. Papirus Sękowskiego. W 1828 został członkiem korespondentem Cesarskiej Akademii Nauk w Petersburgu. W 1847 przeszedł na emeryturę na uczelni.

W latach 20. powierzono mu misję wizytowania i ekspertyzy szkolnictwa zakonnego na terenach białoruskich. Wystawiał szkołom zakonnym u władz rosyjskich nieprzychylne opinie, postulując ich reorganizację, a niekiedy likwidację. W latach 1828–1833 służył jako cenzor wydawnictw. Odnosił się nieprzychylnie do idei powstania listopadowego. Po jego upadku pozostawał w służbie rosyjskiej. Był redaktorem rosyjskiego miesięcznika „Bibliotieka dla cztienija”.

Był pisarzem, satyrykiem i polemistą;