Z turnieju deblowego, w którym startował razem z Jamesem Blakiem, również został wyeliminowany w I rundzie.
Sezon 2008 Querrey ukończył z jednym wygranym turniejem (Las Vegas) oraz na 39. pozycji w rankingu ATP.
Sezon 2009 Rok 2009 rozpoczął od finału w Auckland, pokonując po drodze m.in. Davida Ferrera. Pojedynek o tytuł przegrał z Juanem Martínem del Potro 4:6, 4:6. Z wielkoszlemowego Australian Open Querrey odpadł w I rundzie. W lutym Amerykanin awansował do dwóch ćwierćfinałów, w San Jose oraz w Memphis.
W Rolandzie Garrosie przegrał w I rundzie. Na trawiastych kortach Wimbledonu doszedł do II rundy, odpadając z Marinem Čiliciem. Podczas zawodów w Newport Amerykanin osiągnął drugi finał w sezonie. Pojedynek finałowy rozegrał z Rajeevem Ramem, któremu uległ 6:7(3), 7:5, 6:3.