W 1993 rozpoczął się jego proces.
W 2000 na zlecenie prokuratora Prokuratury Rejonowej w Słubicach dokonano przeszukania w biurach i magazynach należącej do niego firmy. W 2001 Aleksander Gawronik został zatrzymany i następnie tymczasowo aresztowany, w związku z podejrzeniem popełnienia oszustw celnych i podatkowych.
Sąd Rejonowy w Słubicach w 2004 skazał go na karę 8 lat pozbawienia wolności i 50 tysięcy złotych grzywny, za wyłudzenie ponad 9 milionów złotych nienależnego podatku VAT. Były senator nie przyznał się do winy, twierdząc, że oszustw dopuścili się jego pracownicy. Wcześniej zakończył się jego proces w sprawie przywłaszczenia mienia na szkodę spółki Art-B, w którym wymierzono mu karę 3 lat i 8 miesięcy pozbawienia wolności. Warunkowe przedterminowe zwolnienie uzyskał w 2009 na 11 miesięcy przed końcem upływu kary. W 2011 orzeczono wobec niego karę zastępczą 350 dni pozbawienia wolności w zamian za grzywnę wynikającą z innego wyroku. Aleksander Gawronik został doprowadzony do odbycia kary w 2012.