24 marca 1923 roku został przydzielony do Oddziału II Sztabu Generalnego i wyznaczony na stanowisko referenta.
W styczniu 1929 roku, zgodnie z sugestią Sztabu Głównego Wojska Polskiego, profesor Zdzisław Krygowski z Instytutu Matematyki Uniwersytetu Poznańskiego, zorganizował kurs kryptologów, na który skierowano grupę najzdolniejszych studentów, biegle mówiących po niemiecku. Na wykładowców wyznaczono kryptologów cywilnych i wojskowych ze Sztabu Głównego Wojska Polskiego: kpt. Maksymiliana Ciężkiego, mjr. Franciszka Pokornego i inż. Antoniego Pallutha. Wyróżniającymi się adeptami kryptologii byli trzej młodzi matematycy: Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski. Jesienią 1930 r. dla ośmiu studentów, którzy ukończyli kurs z najlepszymi wynikami, utworzono w Poznaniu filię Biura Szyfrów Sztabu Głównego WP. W lecie 1932 r. filia została rozwiązana, a Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski od dnia 1 września 1932 r. zatrudnieni zostali w Warszawie jako kryptolodzy Biura Szyfrów Sztabu Głównego Wojska Polskiego. Rozpoznanie przez Mariana Rejewskiego tajemnicy Enigmy nastąpiło ostatecznie w grudniu 1932 roku, a praktyczne zastosowanie – z udziałem Henryka Zygalskiego i Jerzego Różyckiego – w styczniu 1933 roku. Odtąd, aż do jesieni 1939 r.