11 październiku 1968 roku wyjechał z rodziną do Izraela. W Tel Awiwie został zatrudniony w Klinice Endokrynologicznej uniwersyteckiego szpitala Beilinson. 25 stycznia 1969 roku zginął w wypadku samochodowym. Został pochowany na cmentarzu w dzielnicy Cholon w Tel Awiwie.
W 1990 władze AM w Białymstoku podjęły działania na rzecz uczczenia pamięci Chlebowskiego. Senat uczelniany jednogłośnie przyjął uchwałę o potępieniu decyzji usunięcia profesora z uczelni. Sali wykładowej w Państwowym Szpitalu Klinicznym nadano imię prof. dr. Jakuba Chlebowskiego, a przed wejściem do niej została wmurowana tablica upamiętniająca patrona. W 1996 odbyło się uroczyste posiedzenie Białostockiego Oddziału Towarzystwa Internistów Polskich poświęcone osobie prof. Chlebowskiego. Od 2005 na Akademii Medycznej w Białymstoku jest przyznawana nagroda im. Prof. Jakuba Chlebowskiego, dla najlepszego studenta Wydziału Lekarskiego, której fundatorką jest córka profesora dr Irena Chlebowska-Bennett, z zawodu okulistka.
Odznaczenia Order Odrodzenia Polski
Wybrana bibliografia autorska O chorobach narządu krążenia, podręcznik z 1953 Podstawowe wiadomości z dietetyki, podręcznik z 1952 Zarys nauki o chorobach wewnętrznych, podręcznik z 1956
Przypisy