Obecnie (stan na 2023 rok) relacje te są niejasne – czasami Brygady podają się za wojskowe skrzydło al-Fatahu, jednak partia ta zaprzecza jakimkolwiek oficjalnym powiązaniom.
Od powstania Brygady Męczenników Al-Aksa rozszerzyły swoją działalność na cały Zachodni Brzeg, a także na Strefę Gazy, w której często współpracują z innymi ugrupowaniami militarnymi, w tym z podległymi Palestyńskiemu Islamskiemu Dżihadowi i z Brygadami Izz ad-Din al-Kassama wchodzącymi w skład Hamasu. W Dżaninie działają z tymi ugrupowaniami pod parasolem tzw. „Batalionu Dżanin”. Formacja ma na koncie liczne zamachy terrorystyczne, a jej taktyka wzorowana jest na akcjach Hamasu i Palestyńskiego Islamskiego Dżihadu. Ataki kierowane są na cele wojskowe i cywilne Izraela oraz Palestyńczyków uznanych za zdrajców. Wśród operacji Brygad znalazły się także zamachy samobójcze (grupa po raz pierwszy wykorzystała do takich akcji kobiety).
W 2007 roku rząd Izraela ogłosił amnestię dla bojowników formacji.