Pius XII przychylnie był nastawiony do narodowo-katolickich dyktatur gen. Francisca Franco w Hiszpanii, Antonia Salazara w Portugalii oraz faszystowskiej dyktatury Ante Pavelića w Chorwacji. Pavelića osobiście przyjął na audiencji w Watykanie, 18 maja 1941 r. i udzielił mu błogosławieństwa.
Wkrótce po zakończeniu wojny przesłuchiwany w charakterze świadka przed procesami norymberskimi generał SS Karl Wolff twierdził, że istniał niemiecki plan porwania papieża. Szczegóły tego planu Wolff podał w 1972 r. na prośbę administracji Watykanu. Twierdził przy tym, że sam Hitler odstąpił od planu, obawiając się konsekwencji. Z kolei z dokumentów przebadanych przez niemieckiego jezuitę Petera Gumpela wynika, że Pius XII przygotował się na ewentualne internowanie: zdecydował, że wraz z momentem jego pojmania zrzeka się swojej funkcji, nakazując kardynałom wybranie nowego papieża i – w razie potrzeby – przeniesienie Stolicy Apostolskiej. Garry Krupp – emerytowany amerykański biznesmen i filantrop żydowskiego pochodzenia – mówi o realnym zagrożeniu życia papieża. Twierdzi, iż we wrześniu 1943 r. Hitler wydał Karlowi Wolffowi rozkaz przygotowania planu „neutralizacji papieża”.