Zarząd Prusy Królewskie początkowo miały autonomię (m.in. odrębna moneta bita w mennicy królewskiej w Toruniu i skarb) i były rządzone przez radę, składającą się z przedstawicieli tzw. stanów pruskich, na czele których stał biskup warmiński. Rada ta podlegała królowi. Dużą rolę w radzie odgrywały najbogatsze miasta, tzw. wielkie miasta pruskie: (Toruń, Gdańsk, Elbląg), które posiadały tam swych przedstawicieli, a także same posiadały dużą autonomię i przywileje prawno-ustrojowe (Korektura pruska).thumb|Akt oddania się stanów pruskich królowi Polski Kazimierzowi IV Jagiellończykowi i Koronie Królestwa Polskiego, 15 kwietnia 1454 roku, Archiwum Główne Akt DawnychW sprawach najważniejszych, zwłaszcza podatkowych, zwoływano Ogólne zgromadzenie stanów, które się składało z dwóch izb: ziemskiej (prałaci, urzędnicy ziemscy i szlachta) oraz miejskiej (przedstawiciele mniejszych miast). Dla podjęcia ostatecznych uchwał zbierały się izby połączone.