12 tys.
W XVII wieku od 50 do 60% męskiej populacji miasta umiało przynajmniej czytać, a językiem polskim posługiwało się od 50 do 60% mieszkańców. Drugim głównym językiem w mieście był niemiecki.
thumb|upright|Plan oblężenia Torunia w 1658 Druga połowa XVII wieku to czas osłabienia miasta ze względu na toczące się w jego rejonie wojny. 16 lutego 1629 roku miasto odparło pierwsze oblężenia Szwedów. Rozpoczęto budowę fortyfikacji bastionowych. W 1645 roku w mieście odbyło się Colloquium charitativum, spotkanie ekumeniczne w celu pogodzenia katolików i protestantów. Na przełomie listopada i grudnia 1655 roku Toruń zajęły wojska Karola X Gustawa, króla Szwecji. 2 lipca 1658 roku wojska polsko-litewskie rozpoczęły oblężenie Torunia, które miało na celu zmusić wojska szwedzkie do opuszczenia miasta. 30 grudnia 1658 roku wojska szwedzkie poddały się, a 1 stycznia 1659 roku w Toruniu odbył się uroczysty wjazd Jana II Kazimierza Wazy. Od 24 września do 9 października 1703 roku doszło do bombardowania miasta przez wojska szwedzkie, dowodzone przez Karola XII. Spłonęła znaczna część Rynku Staromiejskiego, ratusz i kościoły. W 1708 roku ludność miasta została zdziesiątkowana przez wielką epidemię dżumy.