W sezonie 1994/1995 przyszedł awans. Śląsk wygrał grupę zachodnią wyprzedzając m.in. Wisłę Kraków i Amikę Wronki. Po drodze do 1 ligi Śląsk gromił 6:0 Arkę, Ślęzę, Pogoń Oleśnica czy Lechię 5:0.
W ekstraklasie uzyskał tyle samo punktów co degradowana Pogoń Szczecin i zajął ostatnie bezpieczne miejsce w lidze. Frekwencja była spora sięgając 10–11 tys. w spotkaniach z Legią i Widzewem.
Sezon 1996/1997 okazał się nieudany. Klub nie dokończył rozgrywek, ostatnie 3 spotkania oddając walkowerem. Przegrane aż w 25 spotkaniach, przedostatnie miejsce, ledwie 24 punkty, bilans bramkowy 24-65 i spadek do 2 ligi.
Sezon 1997/1998 klub rozpoczął w 2 lidze. Do grudnia 1997 sekcja piłki nożnej była częścią wielosekcyjnego Wojskowego Klubu Sportowego Śląsk Wrocław. W związku ze zmianami organizacyjnymi w wojsku sekcja oddzieliła się zakładając 12 grudnia 1997, Sportową Spółkę Akcyjną. W związku z tym w nazwie doszło do drobnej korekty. Wyraz „Wojskowy” zamieniono na „Wrocławski”. WKS zakończył sezon na dość wysokim 3 miejscu z 56 punktami. Awansował Ruch Radzionków z 12 punktami więcej.
W sezonie 1998/1999 na zapleczu ekstraklasy klub ponownie wywalczył 3. miejsce w grupie zachodniej. Tym razem zabrakło ledwie 3 punktów do awansu.