Badania materiału tkankowego (pobranych wycinków, usuniętych narządów lub ich fragmentów) pozwalają rozpoznawać i oceniać stopień zaawansowania chorób nowotworowych, wielu schorzeń zapalnych i zwyrodnieniowych, monitorować skuteczność terapii, stwierdzić przyczynę zgonu.
W krajach o zaawansowanym poziomie medycyny rozpoznanie jednostki chorobowej przez histopatologa jest jednym z podstawowych kryterium, na podstawie którego klinicyści podejmują decyzje o sposobie leczenia pacjenta. W Polsce pracuje około 500 patomorfologów (dla porównania: w Wielkiej Brytanii jest ich około 3000).
Obecnie patomorfologia jest częścią bardziej ogólnej nauki o chorobach (patologii). Jednocześnie jest nauką stosowaną i podstawową specjalizacją lekarską, stosującą szeroki zestaw metod (biopsje, mikroskopię wraz z cyfrową analizą obrazu, mikroskopię wirtualną, telemedycynę, cytochemię i histochemię, biologię molekularną, sekcje zwłok), niezastąpioną zwłaszcza we współczesnej diagnostyce chorób nowotworowych. Odgrywa ona istotną rolę nie tylko w procesie formułowania ostatecznego rozpoznania, ale ma też duży udział w ocenie czynników ryzyka, stadium zaawansowania choroby (staging), złośliwości histologicznej (grading) oraz prognozowaniu i nadzorowaniu chorych.