Następny okres działalności proroka przypada na lata panowania Sedecjasza, którego po kolejnym królu Jojakinie (Jechoniaszu) osadził na tronie władca babiloński Nabuchodonozor. Jeremiasz mógł teraz bez przeszkód spełniać swoją misję, zmierzającą do ratowania państwowości judzkiej i religii. Opowiadał się za podporządkowaniem się Babilonii. Uważał, że tylko za taką cenę można uratować Jerozolimę i świątynię. Takie poglądy były przyczyną oskarżenia go o defetyzm i zdradę, co doprowadziło do jego uwięzienia. Stronnictwo, które przejęło władzę w czasie oblężenia przez Babilończyków, wymogło na królu skazanie Jeremiasza na śmierć. Uratowała go wprawdzie interwencja jednego z dworzan, Ebedmeleka, ale i tak do zdobycia miasta (w 587/586 r. p.n.e.) prorok pozostawał w więzieniu. Po upadku Jerozolimy Jeremiasz został najpierw włączony do grupy Judejczyków przeznaczonych do deportacji, a następnie ułaskawiony na osobisty rozkaz Nabuchodonozora. Prorok miał do wyboru: albo udać się do Babilonu, albo pozostać w Judzie z nieliczną grupą ludności pozostawioną na miejscu. Wybrał opcję drugą. Udał się do Godoliasza, administratora kraju, aby czuwać nad życiem religijnym mieszkańców.