II wojna światowa i okres powojenny Lata 30. rozpoczęły się od przejęcia władzy w Niemczech przez nazistów. Wszystkie kluby sportowe miały obowiązek podporządkowania się władzy, więc gdy ówczesny prezydent klubu August Busse odmówił dołączenia do partii, został odsunięty od klubu. Po roku banicji powrócił i zakorzeniał wśród piłkarzy, działaczy i kibiców Borussii antynazistowskie myślenie. Pod koniec wojny rozprowadzał wraz z innymi działaczami broszury antyhitlerowskie. Tymczasem klub awansował do wyższej ligi, jednak z powodu rozpoczęcia II wojny światowej został zlikwidowany przez nazistów. Po zakończeniu wojny w Dortmundzie stworzył się zespół o nazwie SG Borussia 1898 Dortmund, a w kilka dni później nastąpiło przemianowanie na obecną nazwę klubu: Ballspielverein Borussia von 1909 e.V. Dortmund. W 1949 Borussia gra pierwszy mecz w lidze narodowej, przegrywając 2:3 z VfR Mannheim. W 1956 piłkarze wygrali po raz pierwszy ligę, rok później powtórzyli swój wyczyn. W 1963 wygrali trzeci raz ligę, rok później założona została Bundesliga. W międzyczasie wygrali po raz pierwszy Puchar Niemiec. Dominacja w tej części Europy przełomu lat 50. i 60. została potwierdzona w 1966, gdy Borussia wygrała Puchar Zdobywców Pucharów.