W 1998 roku Blomqvist trafił do angielskiego Manchesteru United, w którym miał rywalizować z Walijczykiem Ryanem Giggsem. W Premier League zadebiutował 9 września w wygranym 4:1 meczu z Charltonem Athletic i w swoim pierwszym sezonie na Wyspach wywalczył tytuł mistrza Anglii. W tamtym sezonie zdobył także Puchar Anglii i wygrał Ligę Mistrzów. W 67. minucie finału z Bayernem Monachium (wygrana „Czerwonych Diabłów” 2:1) doznał kontuzji i został zmieniony przez późniejszego strzelca gola dla Manchesteru, Teddy’ego Sheringhama. Uraz był na tyle poważny, że Blomqvist przez kolejne dwa sezony nie zagrał żadnego spotkania w barwach United.
Do uprawiania sportu Szwed wrócił jesienią 2001, kiedy to podpisał kontrakt z Evertonem. Do tego zespołu ściągnął go menedżer Walter Smith i Jesper stał się drugim Szwedem obok Niclasa Alexanderssona. Pierwsze spotkanie w Evertonie rozegrał 22 grudnia, a „The Toffies” przegrali w nim 0:1 z Sunderlandem. W Premiership wystąpił 15 razy, ale na skutek problemów zdrowotnych odszedł w 2002 roku za darmo do Charltonu. Tam w sezonie 2002/2003 rozegrał tylko 3 mecze i następnie wrócił do Szwecji. Krótko występował w stołecznym Djurgårdens IF i pod koniec roku zakończył piłkarską karierę w wieku 29 lat. W 2008 roku wznowił karierę i był zawodnikiem Enköpings SK. W 2010 roku przeszedł do Hammarby IF.